많은 크론병/궤양성대장염 환자들은 여러 가지 약물 치료제에 잘 반응하며, 수술을 받을 필요가 없습니다. 그러나, 염증성 장질환 환자에 있어 일생 중 어느 시점에서 수술이 필요하게 될 수 있습니다. 보고에 따르면 대략 전체 크론병 환자의 2/3 정도, 궤양성대장염 환자의 1/3 정도가 약물에 반응하지 않거나 염증성 장질환의 합병증 때문에 수술 치료가 필요한 상황이라고 합니다.

크론병에서의 수술은 약물이 더 이상 증상 조절에 유효하지 않을 때 필요하게 됩니다. 또한 누관이나 열창을 복구하기 위해 시행될 수도 있습니다. 수술의 또 다른 적응증은 장 폐색 또는 장 농양과 같은 기타 합병증이 있는 경우입니다. 대부분의 사례에서는, 장의 침범된 부분과, 이와 관련된 농양이 모두 제거됩니다. 이를 절제라 합니다. 이후 건강한 장의 양쪽 말단을 연결하는 과정을 통하여 결합시킵니다. 절제와 연결에 의하여 증상 없이 여러 해를 보낼 수도 있으나, 이 수술은 크론병의 완치로 간주되지는 않는데, 연결 부위나 그 주변에서 종종 재발되기 때문입니다.
결장 크론병에 대한 수술 시에는 회장루 형성술도 필요할 수 있습니다. 이 수술에서는 결장을 제거한 후, 소장을 피부 쪽으로 당겨 노폐물을 복부에 부착된 주머니로 비워냅니다. 이 과정은 직장이 침범되어 연결에 사용될 수 없을 때 필요합니다.
크론병 수술의 전반적 목표는 장을 보존하고 환자가 최상의 삶의 질을 회복하도록 하는 것입니다. 궤양성대장염에 대한 수술과는 달리, 크론병 수술은 완치를 나타내지는 않습니다.

궤양성대장염은 수술보다는 약물 치료가 원칙이지만, 약물 치료를 했는데도 증상이 악화되거나 심각한 대장 출혈이 발생하거나 악성종양이나 독성거대결장(장관 벽이 약해져 풍선처럼 장이 늘어나는 것)과 같은 궤양성대장염의 합병증이 발생한 경우 수술이 필요합니다. 과거에는 대장과 직장을 제거하고 인공 항문을 만드는 수술이 보편적이었지만, 현재는 전 대장과 직장을 제거한 상태에서 소장으로 저장낭을 만든 뒤, 이것을 항문에 직접 연결시키는 전대장절제술과 회장낭-항문 문합술이 표준 수술로 시행됩니다. 이 수술은 신체에 이물질을 삽입하지 않고 항문을 통한 배변을 가능하게 하는 장점이 있지만, 문합부 협착, 출혈, 창상감염 등의 합병증을 일으키는 원인이 되기도 합니다. 전대장절제술을 받은 환자들은 대부분 시간이 지날수록 배변 횟수가 줄고 사회 복귀율이 높아지는 등 삶의 질이 향상됩니다. 배변 횟수가 정상으로 돌아오는데 걸리는 기간은 환자마다 차이가 있으나 대략 12개월 내에 정상화되는 것으로 알려져 있습니다.